Setelah tiba di Travancore pada April, Sequeira mendengar bahawa Afonso de Albuquerque telah menggantikan Dom Francisco de Almeida sebagai Gabenor Portugis India. Bimbang dengan pembalasan dari Albuquerque kerana sebelumnya menyokong Almeida, Sequeira segera berlayar kembali ke Portugal.

Pada masa yang sama di Lisbon, Raja Manuel menghantar satu lagi armada yang lebih kecil di bawah komando Diogo de Vasconcelos untuk berdagang terus dengan Melaka, berdasarkan anggapan bahawa Sequeira telah berjaya dalam membangun hubungan komersial dengan bandar. Vasconcelos tiba di Pulau Angediva pada Ogos 1510 yang mana beliau bertemu dengan Gabenor Afonso de Albuquerque, menamatkan tenteranya selepas gagal menangkap Goa beberapa bulan sebelum itu, dan mendedahkan niatnya belayar ke Melaka dengan segera. Albuquerque telah menerima pesanan daripada para tawanan di Melaka, yang ditulis oleh faktor Rui de Araújo, dan dihantar melalui utusan pedagang yang paling berkuasa di Melaka, seorang penganut Hindu bernama Nina Chatu yang mengadili Portugis. Araújo merumuskan kekuatan tentera Sultan, kepentingan strategik Melaka serta penangkapan mereka yang mengerikan. Oleh itu, Albuquerque menyedari sepenuhnya bahawa untuk Vasconcelos terus ke Melaka dengan kekuatan yang begitu kecil itu adalah bunuh diri, dan berjaya meyakinkannya untuk, dengan berat hati, membantunya untuk menangkap Goa pada tahun itu.[22]